In der aktuellen Version können bereits – wie in TOS 2.0x/3.0x – alternative Icon-Sets nachgeladen werden, doch damit gibt sich das EmuTOS-Team nicht zufrieden: Auch die Mauszeiger werden sich bequem per RSC-Datei austauschen lassen. Damit haben EmuTOS-Nutzer die Wahl: Sie können den vorgegeben EmuTOS-Look nutzen, die Atari-Mauszeiger verwenden, oder gar ein komplett neues Set wählen (Bild). Ähnlich flexibel war Ataris TOS nur mit Tools von Drittanbietern, wie z.B. Mouse-Ka-Mania von Charles F. Johnson.
Im Atari-Home-Thread befindet sich ein aktueller EmuTOS-Snapshot, mit dem die neuen Mauszeiger unterstützt werden:
